外文医学文献检索工具Pubmed、SCI.ppt

外文生物医学文献检索工具的使用技巧与策略,Pubmed与SCI,主要内容,一.PUBMED,二.SCI,一.PUBMED,1、PUBMED简介 2、PUBMED的基本检索功能 3、PUBMED的高级检索功能 4、PUBMED的结果的处理,1.1 什么是Pubmed 1.2 Pubmed的发展过程 1.3 Pubmed的收录范围 1.4 Pubmed的记录来源 1.5 Pubmed的常用字段 1.6 Pubmed检索的特点 1.7 Pubmed界面,1、PUBMED简介,创建机构美国国立医学图书馆（NLM）下设的美国生物技术信息中心（NCBI） 摘要型Abstract的数据库, 提供文献的线索 特色免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、文摘库、部分文献可以免费获得全文 整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索,1.1 什么是PubMed,1.2 PubMed的发展历程,1997,1983,1971,1879,PubMed网络数据库,Medline光盘数据库,Medline联机检索系统,Index Medlcus（IM）检索期刊,收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据，涉及40多个语种 English 4806 （约占85 Chinese 69 French Japanese 绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年 内容涉及基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域,1.3 PubMed的收录范围,期刊论文发表时所用的语言,部分文献可直接获取全文，包括 Pubmed Central（PMC，收录期刊780余种）；NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Acess，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献,1.3 PubMed的收录范围,MEDLINE Indd 1966年以来的MEDLINE已标引数据， 有MeSH字段和摘要， 标记PubMed-indd for MEDLINE,1.4 PubMed的记录来源,OLDMEDLINE 1948-1965年间发表的200万篇生物医学文献 未标引，无MeSH字段， 标记PubMed-OLDMEDLINE,1.4 PubMed的记录来源,MEDLINE Inprocess 由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未标引的数据 只有简单的书目及文摘信息，无MeSH字段 标引后，获得MeSH词后，再加入MEDLINE Indd 标记PubMed-in process,1.4 PubMed的记录来源,Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录 包括MEDLINE未收录的部分记录 标记PubMed-as supplied by publisher,1.4 PubMed的记录来源,1.5 PubMed的常用字段,PubMed中供显示和限定检索用的字段共有60多个,1.5 PubMed的常用字段,系统特点 主题加工规范 检索方式灵活多样 免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配,1.6 PubMed的检索特点,检索词输入框,使用帮助,常用工具,更多服务,1.7 PubMed界面,PubMed题录,作者AU,题名TI,来源SO,PubMed记录类型（状态,2.1 自动词语匹配检索 2.2 著者检索 2.3 期刊检索 2.4 短语精确检索 2.5 截词检索 2.6 布尔逻辑检索 2.7 限定检索 2.8 日期或日期范围检索,2、PUBMED基本检索功能,输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统按照自动词语匹配的原理进行检索 Pubmed最具特色的检索功能之一 智能化的检索过程 基本原理对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields中检索，单词之间的逻辑关系为“AND,2.1 自动词语匹配检索,Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索 有较好的查全率，同时保证一定的查准率 例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入Heart attack aspirin三个词,2.1 自动词语匹配检索,转换后的检索式可进行修改,三种方法 一.在检索框中输入著者姓名，Pubmed自动执行著者检索 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献 2002年以后的文献，Pubmed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限 例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被Pubmed收录的文献,2.2 著者检索,二.通过字段限定检索及组合检索也可实现更精确的著者检索 例如，输入Smith SR1AU可检索出第一著者为Smith SR的文献 三.通过“Advanced”中的“Author”限定，可以检索该作者的文献,2.2 著者检索,四种方法 一.利用PubMed自动词语匹配功能，其输入规则是期刊全名、MEDLINE期刊缩写名、ISSN号（例如1671-3982）三种形式中的任何一种形式均可。 例如Cancer RES。 如果期刊刊名正好与MeSH词相同， 例如cell、science等，PubMed将这些词作为MeSH词检索,2.3 期刊检索,二是利用期刊字段限定检索，其输入规则是在刊名之后加上刊名字段符。 例如Cancer RESTA。 三是通过“Advanced”中的“Journal”，可以检索该刊发表的文献。 四是通过“Journals in NCBI Databases”，查找到该刊后，再选定该刊，发送到检索框进行期刊检索,2.3 期刊检索,2.4 短语精确检索,对检索词加上双引号（英文状态）进行强制检索 短语精确精确检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能 例如检索框中输入“traditional Chinese medicine”，PubMed将“traditional Chinese medicine”作为一个不可分割的短语在数据库的所有可检索字段中进行检索,2.4 短语精确检索,2.4 短语精确检索,结果对比,2.5 截词检索,在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率，对词根或词尾略有变化的词进行检索时需要应用截词检索。 截词检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能，PubMed允许使用“*”进行右边截词检索。 如 “viru*”，检索以viru开头的单词， immun*，可以检出immune、immunologic等词。 如果单词数量大于600，则PubMed自动提示延长词干。 截词功能只限于单词，对词组无效,2.6 布尔逻辑检索,逻辑运算符号主要有“AND”、“OR”、“NOT” ，分别表示“逻辑与”，“逻辑或”，“逻辑非,A AND B,A OR B,A NOT B,2.6 布尔逻辑检索,直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的逻辑组配关系 逻辑运算符号的顺序为从左至右，可以用全括号来改变其运算顺序,2.7 限定检索,限定检索功能是对上一次检索操作结果进行限定。 限定检索将限定在MEDLINE数据库中进行。限定检索结束后，需要将限定取消，点击“Clear all”。 选择条件就是点击选中限定选项。 PubMed可限定内容包括字段、文献类型、语种、日期、子集（Subsets）限定等,2.8 日期或日期范围检索,可以在检索框中键入日期或日期范围，系统会按日期段检索，并将符合条件的记录予以显示。 日期的录入格式为YYYY/MM/DDDP,可以只写年 如1999/09/08DP出版日期为1999年9月08 日期范围用冒号链接 如2004/012004/06DP 日期字段有三个DP、EDAT、MHDA,3.1 检索史 3.2 组合检索 3.3 主题词检索 3.4 期刊数据库检索 3.5 其他检索服务,3、PUBMED高级检索功能,3.1 检索史,Search History检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数 单击检索式序号，显示Options选项，可执行AND、OR、NOT、Delete（删除检索式）、Save in my NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同操作 检索史最多保留8小时,3.2 组合检索,组合检索可实现多个字段的逻辑组配检索 在之前的检索基础上可以序号形式参与运算。 如1 AND 2、3 OR 4等,3.3 MESH主题词检索,PubMed记录中的医学主题词MeSH, Medical Subject Headings是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词，主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写leukemias, leukaemiasleukemia 同义词 cancers, tumors, tumours, neoplasms neoplasms,3.3 MESH主题词检索,一篇文章可有多个MeSH词 主题词可以组配相应的副主题词 主题词的树状结构表系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索 注意MeSH主题词检索，只检索来源于MEDLINE的文献，不检索PubMed其他来源的文献supplied by publisher，且未经MeSH主题词标引的文献检索不到inprocess、OLDMEDLINE,SubHeadings 副主题词,副主题词（subheadings）是用于对主题词做进一步限定的词语。 如某一疾病的诊断、治疗，某种药物的毒性、副作用等。 目前有83个副主题词 并非每个主题词都能和83个副主题词组配,二.PUBMED使用指南,主题词（MeSH）检索的具体方法和步骤如下,副主题词,主要主题词（加权,扩展检索,树状结构,二.PUBMED使用指南,检 索 结 果,主题词检索注意问题,当课题含有多个主题词时，在MeSH Database中的操作往往需要重复多次。 进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有更加合适的主题词。 同时选多个副主题词时，其间的逻辑关系是OR。 系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要，可勾选,3.4 期刊数据库检索,期刊数据库检索可查询PubMed及Entrez平台其他数据库所收录的期刊信息 提供Topic、刊名全称、Medline刊名缩写、ISSN等检索途径， 也可以按学科（Subject Terms）进行浏览,可以看到刊名、刊名缩写、出版社、语种、ISSN等期刊详细信息哦,检出该刊的文献信息,3.4 期刊数据库检索,按学科浏览数据库期刊,在Journals in NCBI Databases检索页面用户还可以获得包括PubMed收录期刊一览表在内的Entrez Journals以及PubMed链接全文网址的电子期刊一览表,护理学，点击可看到数据库收录的这一学科相关的所有期刊,1）Journals in NCBI Databases（期刊数据库） （2）Mesh Database（医学主题词数据库） （3）Citation Matcher（引文匹配器） （4）Clinical Queries（临床查询） （5）Topic-Special Queries（特定查询） （6）LinkOut（外部链接） （7）My NCBI（我的NCBI,3.5 其他检索服务,Clinical Queries（临床查询）是专门为临床医生设计的搜索引擎。 包括Clinical Study Category（临床问题目录）、Systematic Reviews（系统评价）和Medical Genetics医学遗传学三类检索功能,Clinical Queries（临床查询,Clinical Study Category列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）、etiology（病因）和prognosis（预后）等。在检索框内输入检索词，然后选择上述类目即可，同时可以根据需要选择强调查全率（ “broad，sensitive search”）还是查准率（ “narrow，specific search”）。 Systematic Reviews （系统评价）功能专门用来检索经专家评价过的质量高的循证医学文献;提供检索疾病的Systematic Reviews（系统评价）、meta-analysis（meta分析）、Reviews of clinical（临床试验评论）和evidence-based medicine（循证医学）等方面的文献。 Medical Genetics供检索医学遗传学方面的文献,Clinical Queries（临床查询,Clinical Queries利用内在的过滤器使其检索结果更加贴近临床的需要。如果用户需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，则不应该使用这个检索引擎,Clinical Queries（临床查询,是针对不同的用户，不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物伦理）、Cancer（癌症）、Complementary Medicine（替代医学）、health literacy（健康素养）等专题检索,Topic-Special Queries（特定查询,提供个性化服务，非常实用的文献管理工具，可以对存储的检索策略进行自动更新检索并将检索结果发送到指定的E-mail邮箱，还可以对检索结果设定Filter（过滤器）和LinkOut等。 进入My NCBI，首先免费注册，获得用户名和密码，可以管理在NCBI所有数据库的检索过程及检索结果，追踪了解所在研究领域的最新进展,My NCBI（我的NCBI,首页,登录,注册,保存检索策略及Email定期自动更新检索结果 保存检索结果 过滤检索结果 My MCBI的过滤器（Flite）提供了个性化的检索结果过滤功能 建立个人书目记录（My Bibliography）及其他感兴趣著者的文献记录（Other Citations） My NCBI页面的Recent Activity可以显示最近6个月用户的检索记录，包括检索时间、检索的数据库、检索结果、浏览的文献等,My NCBI（我的NCBI,检索结果的处理点击命中的记录数可以进入检索结果显示页面，默认显示全部文献。 显示格式 Display Settings 结果排序 Display Settings - Sort by 保存为本地文件（最多10000篇）Send to File 临时存放至剪贴板 Send to Clipboard 保存为个人资料集 Send to Collections 发送至电子邮箱 Send to E-mail,4、检索结果的处理,可以通过改变Display Setting后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项,4、检索结果的处理,可以通过改变Display Setting后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项,4、检索结果的处理,排序,显示形式题录、摘要等,每页显示条数,结果输出选项即对检索结果的保存。保存操作时，可先用鼠标对记录左边的复选框打标记，然后选用下列操作,选File，将所有记录（或选定记录）按照文本格式进行保存，最大保存记录数为10000条,选Clipboard，所有记录（或选定记录）添加到临时的粘贴板,选E-mail，发送到指定的电子邮箱。 选Order为原文订购，不对中国国内用户开放。 选My Bibliograghy，就是保存到My NCBI,4、 检索结果的处理,检出结果保存到Endnote或NoteExpress 选择滤镜导入到软件 以MEDLINE格式保存 检出结果的全文追踪 图书馆已经购买的全文 Pubmed Central Online free fulltext,4、检索结果的处理,MEDLINE格式显示,链接到全文通过检索结果界面左侧和文献信息记录下方的链接可链接期刊出版商、部分期刊全文,PubMed的全文链接,全文获取,小结,PubMed的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能。 主题词检索是PubMed最具特色的功能之一，能保证较好的查准率和查全率。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献,二.SCI,1.引文索引 2. Web of Science简介 3.如何利用SCIE为科研服务,1.引文索引,对论文的参考文献标引并检索,2014,2008,Cited References 参考文献,2015,Times Cited 施引文献,Related Records 相关文献,该课题如何起源、 修正、变迁、发展,该课题的演变、 最新进展,该课题的渗透、交叉学科和扩展,引文索引的作用,引文检索的目标,2. Web of Science简介,美国科学引文索引（Science Citation Index, 简称 SCI ）于1957 年由美国科学信息研究所（Institute for Scientific Ination, 简称 ISI）在美国费城创办，是由美国科学信息研究所ISI1961年创办出版的引文数据库。 SCI科学引文索引 、EI工程索引 、ISTP科技会议录索引 是世界著名的三大科技文献检索系统，是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具。 WebofScience是大型综合性、多学科、核心期刊引文索引数据库， SCIE数据库是WebofScience核心合集的一个子库,82,Web of ScienceTM核心合集数据库简介,83,Science Citation Index Expanded 科学引文索引 176个学科的8678种高质量学术期刊 ,数据最早回溯至1900年。 Social Sciences Citation Index 社会科学引文索引 56个社会科学学科的3158种权威学术期刊， ,数据最早回溯至1900年。 Arts Humanities Citation Index 艺术与人文引文索引 收录28个人文艺术领域学科的1744种国际性、高影响力的学术期刊的数据内容 ， 数据最早回溯至1975年。 Conference Proceedings Citation Index Science Social Science Humanities会议录引文索引 自然科学版社会科学与人文版 超过167，000个会议录，有自然科学、社会科学两个版本，涉及250多个学科，1990-。 Book Citation Index - Science Social Science Humanities 图书引文索引自然科学版 社会科学与人文版 截止至2012年收录60,239种学术专著，共560,000多条记录，同时每年增加10,000种新书，2005-。 IC/CCR化学类数据库 包括超过100万种化学反应信息及420万种化合物,广度,期刊、会议、专利、科技报告、图书等,质量,筛选全球优质学术资源 Web of Science Core Collection,84,85,深度,BKCI 2005年,CPCI 1990年,AHCI 1975年,SCI SSCI 1900年,基于早期的期刊、报告、出版物来定位当前研究； 追溯某一观点从首次提出至今的历史脉络与方法论； 进行更深入、更全面的检索，并跟踪百年的研究发展趋势,独特性,Citation Index 引文索引,86,Dr. Garfield 1955年在 Science 发表论文提出将引文索引作为一种新的文献检索与分类工具,Dr. Garfield认为将一篇文献作为检索字段从而跟踪一个Idea的发展过程及学科之间的交叉渗透的关系,引文索引VS关键字检索,关键词的不断演变，造成漏检，错过高影响力的重要文献,87,当研究中的专业概念和术语不断演变，研究的语言也会不断变化 基于文本的搜索可能会错过重要的信息。 通过引文间的联系网络可以帮助跨越术语的界限在信息中进行探索,科学的检索方式关键词引文索引,引文索引,科研术语和相关概念随着科研的进程在不断地改变和发展 数据收集方法、分析模型，难以用关键词涵盖 引文关系能跨越学科、地域、年代的界限，更深入地揭示出科研内部规律,88,从一篇高质量的文献出发，沿着科学研究的发展道路,2010,引文索引系统打破了传统的学科分类界限，既能揭示某一学科的继承与发展关系，又能反映学科之间的交叉渗透的关系,Related Record,Synthesis of Amino Acids,Synthesis and/or collection of Synthesis and/or collection of amino acids is critical for cell survival. They not only serve as the building blocks for proteins but also as starting points for the synthesis of many important cellular molecules including vitamins and nucleotides,Synthesis of Amino Acids,Synthesis and/or collection of Synthesis and/or collection of amino acids is critical for cell survival. They not only serve as the building blocks for proteins but also as starting points for the synthesis of many important cellular molecules including vitamins and nucleotides,论文甲,论文乙,A B C D E F,89,90,从一篇高质量的文献出发，沿着科学研究的发展道路,2010,引文索引系统打破了传统的学科分类界限，既能揭示某一学科的继承与发展关系，又能反映学科之间的交叉渗透的关系,检索,检索 - 快速锁定高影响力论文，把握课题发展方向和趋势 特定学科领域论文 常被引文献/最新的综述 - 追溯课题的脉络，回顾经典文献（参考文献、施引文献及相关记录,3.如何利用SCIE为科研服务,要找到SCI，还需要点这里,支持截词符*检索,基本检索,作者检索,各字段用布尔逻辑运算符 AND 相组配,引文检索（查被引,化学结构检索,使用字段标识、布尔运算符、括号和检索结果集来创建检索式,TSChinese medicine AND cancer AND PY2014,检索案例银屑病（Psoriasis,文献列表,科技文献的获取途径,如何快速准确的查找到最重要的文献,快速查找高影响力论文,如何快速查找到我所在学科领域的相关文献,如何概览课题,检索,分析,3.如何利用SCIE为科研服务,分析 -全方位的分析已有文献发现有用信息 分析某研究课题的总体发展趋势。 找到该研究课题中潜在的合作者和合作机构。 对该课题领域的国家信息分析,引文报告呈现该领域的总体趋势,迅速锁定领域内的高影响力/热点论文,120,2002,三维度检索把握课题脉络,如何了解与课题相关的背景信息,强大的分析功能 作者 出版年 来源期刊 文献类型 会议名称 国家/地区 基金资助机构 授权号 团体作者 机构 机构 扩展 语种 WOS学科类别 编者 丛书名称 研究方向,发现该领域的高产出人员 -选择同行审稿专家 -选择潜在的合作者 -选择未来的导师,作者分析,发现跨学科研究情况 -了解交叉学科分布,学科类别分析,发现该领域高产出的研究机构 -有利于机构间的合作 -发现深造的研究机构 -国际学术交流,机构分析,来源出版物分析,指导我们投稿，发表SCI论文,发现该领域高产出的国家/地区 -了解不同国家/地区的科研进展,国家/地区分析,基金资助机构分析,国内有关该领域研究受到的基金资助情况,如何从手头仅有的一篇文献或著作了解相关的研究,利用Web of ScienceTM获取思路，激发研究思想,以一篇高质量的文章为检索起点进行被引参考文献检索Cited Reference Search 被引参考文献检索的特点 以一篇文章、一个作者、一个期刊、一篇会议文献或者一本书作为检索词,进行被引文献的检索. 在不了解关键词或者难于限定关键词的时候，您可以从一篇高质量的文献出发，了解课题的全貌。 某一理论有没有得到进一步的证实是否已经应用到了新的领域 某项研究的最新进展及其延伸 某个实验方法是否得到改进 如何了解某篇论文/某部论著被引用情况以揭示其影响力,132,被引文献检索案例,西格蒙德弗洛伊德（Sigmund Freud，1856-1939），犹太人，奥地利精神病医生及精神分析学家。精神分析学派的创始人。他的第二部论著梦的解析于1900年问世，这是他最有创造性、最有意义的论著之一。 对于该论著有哪些不同的视角和观点 该论著目前有哪些新的应用 基于该论著的最新研究成果是什么,梦的解析是西格蒙德弗洛伊德最经典的一本著作，第一版出版于1899年11月，随后的几十年中多次再版。该书开创了弗洛伊德的“梦的解析”理论，被作者本人描述为“理解潜意识心理过程的捷径。,有关梦的解析的研究近年出版的文献数,有关梦的解析的研究近年的引文数,检索,管理,3.如何利用SCIE为科研服务,管理 - 跟踪最新研究进展 定题跟踪 引文跟踪 - 高质量论文的收藏和管理 对参考文献进行分类、统一管理收藏及联合检索,利用Web of Science跟踪最新研究进展,怎样利用Web of ScienceTM将有关课题的最新文献信息自动发送到您的Email邮箱 定题跟踪 引文跟踪,定题跟踪”可实时跟踪某课题、某作者、 某机构等的最新研究进展,保存检索历史在服务器或本地计算机上，订制定题服务,检索,写作,3.如何利用SCIE为科研服务,写作（EndNote） -文献的管理和写作工具,如何有效地管理文献,文献管理工具EndNote,检索,投稿,3.如何利用SCIE为科研服务,投稿 查询学科内SCI期刊 关注期刊用稿特点、影响因子、学科内排名,149,如果稿件投向了不合适的期刊会遭遇,退 稿,少有同行关注,不公正的同行评议,如何选择合适的投稿期刊,150,查阅所引用参考文献的来源出版物,请教同行,Web of ScienceTM核心合集,案例中国学者在基因测序领域的研究,151,主题genome sequencing AND genome 检索字段主题 检索数据库SCI-EXPANDED 精炼国家/地区-PEOPLES R CHINA,153,154,154,JCR 期刊分区,影响因子（Impact Factor）,SCI影响因子（IF）查询推荐地址 http/,本章小结,引文（参考文献）是科技论文的重要组成部分，通过引文索引可以了解某个课题的起源、发展、演变和最新进展，还可以发现该课题的渗透、交叉学科和扩展。 科学引文索引（Science Citation Index，简称SCI）是Web of Science数据库平台中的子库之一，收录了10000余种期刊，覆盖了国际上大多有重要影响的刊物，期刊的学科范围包括自然科学、生物、医学、农业、技术和行为科学等，主要侧重基础科学。 SCIE（SCI网络版）具有强大的数据统计功能，熟练掌握检索方法，认真研究统计数据，对科研具有重要帮助,谢谢大家